De manière générale, lorsque l'on veut faire fonctionner un appareil de jour comme de nuit, avec un système solaire photovoltaïque, on utilise une batterie. Pour le pompage solaire, c'est différent.
Il est plus facile et moins couteux de stocker de l'eau que de l'énergie, on va donc privilégier les cuves de stockage. Cette configuration permet de s’affranchir de l'installation et de la durée de vie de la batterie ainsi que de l'entretien. Dans ce cas, on pratique le pompage au fil du soleil, c'est-à-dire sans batterie, la vitesse de la pompe est ainsi liée à l'ensoleillement.
Il est toutefois possible de faire fonctionner une pompe solaire sur batterie pour augmenter le volume d'eau quotidien pompé par exemple. Cette solution est rarement employée à cause du coût qu'elle engendre, il est plus intéressant de passer sur une pompe plus puissante avec plus de panneaux solaires.